سلسله قارچ‌ها (Fungi) را به دو شاخه، قارچ‌های حقیقی و قارچ‌های کاذب، تقسیم کرده‌اند.
قارچ‌های حقیقی خود به پنج زیرشاخه تقسیم می‌شوند. این پنج شاخه عبارت‌اند از:
۱- ماستیگو مایکوتینا (Phycomycetes)
۲- زیگومایکوتینا (Zygomycetes
۳- آسکومایکوتینا (Ascomycota)
۴- دوترومایکوتینا (Deuteromycota)
۵- بازیدیومایکوتینا (Basidiomycota)
شاخه ماستیگو مایکوتینا
قارچ‌های ماستیگو مایکوتینا یا قارچ‌های زئوس پوری ساختار آنها و یا هاگ‌هایی که تولید می‌کنند ممکن است متحرک و دارای تاژک باشند.
(نوع تاژک و محل قرار گرفتن آن در این قارچ‌ها ازنظر رده‌بندی مهم است)
قارچ‌های این زیر ازنظر تولیدمثل و ساختار جز پست‌ترین قارچ‌ها به شمار می‌آیند. این قارچ‌ها فاقد ریسه یا هیف بوده و ساختار تک تاخته‌ای دارند که بخش رویشی و زایشی قارچ به‌حساب می‌آیند سپس ساختار آنها پیشرفته‌تر شده و بخش رویشی و زایشی از یکدیگر مجزا می‌شوند.
در قارچ‌های تکامل‌یافته‌تر این گروه، ساختار هیف به وجود می‌آید. هیف آنها فاقد دیواره عرضی است. تولیدمثل جنسی در این گروه نیز روند تکاملی را طی می‌کند و از ایزوگامی به آنیزوگامی و سپس ائوگامی می‌رسد.
تعدادی نیز گامت های غیر متحرک دارند و به روش تماس گامتانژیایی تولیدمثل جنسی انجام می‌دهند که این قارچ‌ها تکامل‌یافته‌تر از دیگر قارچ‌های این گروه هستند. این گروه از قارچ‌ها به‌صورت ساپروفیت بر روی بقایای مواد آلی یا به‌صورت انگل داخلی و خارجی بر روی یاخته میزبان زیست می‌کنند.
زیر شاخه زیگومایکوتینا
قارچ‌های این گروه نیز جزء قارچ‌های پست هستند و هیف آنها فاقد دیواره‌های عرضی است. تولیدمثل غیرجنسی توسط هاگ‌های ثابت انجام می‌شود که معمولاً در کیسه‌ای به نام اسپورانژیوم به وجود می‌آیند.
تولیدمثل جنسی توسط دو گامتانژ صورت می‌گیرد. کیسه‌ای به نام اسپورانژیوم به وجود می‌آیند، در این حالت اندام‌های جنسی دیده نمی‌شوند. هیف رویشی، گامتانژ را به وجود می‌آورند. این قارچ‌ها اغلب در خاک و غیر خاک بر روی مواد قندی رشد می‌کنند.
سلسله قارچ‌ها (Fungi) را به دو شاخه، قارچ‌های حقیقی و قارچ‌های کاذب، تقسیم کرده‌اند.
شاخه آسکومایکوتینا Ascomycota
این گروه دارای هیف دیواره‌های عرضی هستند. این قارچ‌ها جزء قارچ‌های عالی به شمار می‌آیند. درنتیجه تولیدمثل جنسی، هاگ‌هایی به نام آسکوسپور در درون کیسه‌هایی به نام آسک تولید می‌کنند.
کیسه آسک حاوی آسکوسپورها، اغلب توسط پوششی به نام آسکوکارپ احاطه می‌شوند. آسکوکارپ ها به شکل‌های مختلفی (بسته، نیمه‌باز و باز) وجود دارند.
رده‌بندی این گروه بر اساس نوع آسکوکارپ صورت می‌گیرد. در این قارچ‌ها تولیدمثل غیرجنسی اغلب توسط هاگ‌هایی به نام کونیدها انجام می‌شود که بر روی هیفی موسوم به کونیدیوفور قرار می‌گیرند ولی مخمرها به دلیل وجود ساختار تک‌یاخته‌ای، به روش تقسیم دوتایی و یا جوانه زدن تولیدمثل غیرجنسی انجام می‌دهند. (مخمرها جز این شاخه هستند)
شاخه دوترومایکوتینا Deuteromycota
این گروه به قارچ‌های ناقص نیز معروف هستند به دلیل اینکه در چرخه آن ها تولیدمثل جنسی دیده نمی‌شود و تنها روش تکثیر آن ها تولیدمثل غیرجنسی است.
این قارچ‌ها اکثراً برحسب اندازه، شکل رنگ و ویژگی‌های موجود در کونید یا حاصل از تولیدمثل غیرجنسی آنها شناسایی و طبقه‌بندی می‌شوند. این قارچ‌ها در طبیعت پراکندگی فراوان دارند و باعث ایجاد بیماری در گیاهان ایجاد می‌شوند.
