اکثر قارچ‌ها همانند قارچ خوراکی، اسپور و میسیلیوم رویشی تولید می‌کنند و شناسایی دقیق قارچ بیماری زا در آزمایشگاه های تشخیص با بررسی اسپور و شکل ظاهری میسیلوم هایی که اسپورها بر روی آنها ظاهر می شوند، امکان پذیر است. در اغلب موارد قارچ خوراکی توسط پاتوژن قارچی کلونیزه می‌شود و شناسایی قارچ بیماری زا بایستی بر اساس آزمایش های میکروسکوپی انجام شود. پاتوژن هایی مانند گونه‌های Mycogona, verticillium و Cladobotryum و سایر کپک‌ها، اسپور های منحصربه فردی تولید می‌کنند.
برخی از قارچ‌ها به‌راحتی اسپور تولید نمی‌کنند. در مواردی که تولید اسپور به‌سختی انجام بگیرد با کشت دادن قارچ روی محیط کشت دیگر (اغلب محیط کشت آگار دارای مواد مغذی) می‌توان آن را وادار به تولید اسپور کرد.
شناسایی کپک ها
به‌منظور جداسازی و شناسایی کپک‌ها، نمونه‌های کمپوست قارچ روی محیط کشت آگار کشت داده می‌شوند. در مواردی که نیاز به کمی سازی و شمارش جمعیت کپک‌ها وجود داشته باشد از کمپوست عصاره گرفته باشند. این عصاره به‌اندازه‌ای رقیق می‌شود که کلونی های قارچ در آن قابل شمارش باشند. هر چه تعداد کلونی ها بیشتر باشد اهمیت دادن به آن بیشتر شده و این مسئله هنگام شناسایی عامل ایجادکننده اختلال در کمپوست بیشتر نمود پیدا می‌کند.
استرین هاو گونه های یک قارچ
زمانی که بیش از یک گونه یا استرین قارچ بیماری‌زا از یک جنس و گونه وجود داشته باشد به شناسایی دقیق تری نیاز است. به‌عنوان‌مثال، گونه‌های مختلفی از کپک سبز ترایکودرما وجود دارند و استرین های T.aggressivum علائم متفاوتی تولید می‌کنند.
بر اساس خصوصیات مرفولوژیکی و ریخت شناسی مانند شکل اسپور و اندازه آن می‌توان گونه‌ها را از هم تشخیص داد اما تفاوت میان استرین و زیرگونه‌های یک گونه دیگر بر اساس خصوصیات مرفولوژیکی از یکدیگر قابل‌تفکیک نیستند. به همین دلیل، استرین های مختلف T.aggressivum با استفاده از تکنیک‌های ملکولی یا با مقایسه میزان رشدشان و اسپورزایی در شرایط استاندارد از هم قابل تشخیص هستند.
پاتوژن ها
در برخی از موارد از خصوصیاتی چون حساسیت یک عامل بیماری یا پاتوژن به قارچ‌کش‌ها ممکن است برای شناسایی استفاده شود. به همین منظور، قارچ عامل بیماری از قارچ خوراکی آلوده جداسازی شده و در شرایط استریل روی محیط کشت آگار کشت داده می‌شود. کشت‌های بعدی از این جدایه روی محیط کشت هایی که غلظت‌های مختلفی از قارچ‌کش موردنظر را دارا هستند کشت داده می‌شود.
هنگام نگهداری، رشد پرگنه قارچ عامل بیماری بر روی محیط کشت حاوی غلظت‌های مختلف قارچ‌کش اندازه‌گیری می‌شود و میزان رشد در برابر غلظت‌های قارچ‌کش پلات می‌شود. نتیجه حاصل از این بررسی به‌صورت مقدار ED50 بیان می‌شود که نشان‌دهنده غلظتی از قارچ‌کش است که میزان رشد قارچ را به میزان ۵۰ درصد کاهش می‌دهد.
نمونه‌برداری از باکتری
باکتری‌ها موجودات تک‌سلولی هستند و گروهی از آنهاکه تولید قارچ را تحت تأثیر قرار می دهند، اسپوری تولید نمی‌کنند. باکتری‌ها ازنظر مرفولوژیکی با یکدیگر اختلافاتی دارند اما نمی‌توان از این خصوصیت به‌عنوان تنها فاکتور برای شناسایی آنها استفاده کرد. شناسایی باکتری‌ها به مجموعه‌ای از تست‌های شناسایی وابسته است که در آن مواد شیمیایی خاص به محیط کشت آگار اضافه می‌شوند و توانایی باکتری در مصرف این مواد و رشد آن روی محیط کشت اندازه‌گیری می‌شود.
در مورد باکتری Pseudomonas عامل بیماری لکه قهوه‌ای باکتریایی، شناسایی دقیق آن با آزمون خط سفید مشخص می‌شود. این یک واکنش بسیار اختصاصی با یک باکتری هم‌خانواده با p.tolaasii انجام می‌شود.
زمانی که این باکتری روی یک محیط کشت آگار کشت داده می‌شود خط رسوب سفیدرنگی بین دو کلونی باکتری تولید می‌شود. اخیراً تکنولوژی DNA و تجزیه‌وتحلیل پروفایل اسیدهای چرب، موجب افزایش در سرعت و دقت شناسایی باکتری‌ها شده است.
