با تولید و برداشت قارچ ظاهراً کار به اتمام رسیده است ولی کار تولید زمانی کامل می‌شود که قارچ با کیفیت مناسب به بازار عرضه گردد. قارچ ها بعد از برداشت نیز به رشد و بلوغ ادامه می‌دهند که نتیجه‌ی آن کاهش وزن، باز شدن کلاهک، قهوه‌ای و فساد قارچ را به دنبال دارد.
ماندگاری قارچ از بقیه سبزیجات کمتر است.
بعد از برداشت، اندازه سلول هل بزرگ‌تر می‌شود. این مسئله به مراتب در کلاهک قارچ شدیدتر است. به گونه‌ای که اندازه سلول‌ها ۵-۱۰ برابر بزرگ‌تر از سلول‌های معمولی می‌شود. این افزایش فضای بین سلول را نیز افزایش می‌دهد. تنفس در بخش تولید اسپورها یا تیغه‌های شعاعی که گیلز نام دارند، افزایش می‌یابد به‌طوری که ۷۰ درصد اکسیژن در اینجا مصرف می‌شود. به سبب بالا رفتن تنفس در بخش تولید اسپور، مقدار مانیتول در بخش پایه کاهش می‌یابد و سرعت جریان آب از بخش‌های زیرین به سمت کلاهک افزایش می‌یابد.
مصرف آب نیز در این ناحیه بسیار زیادتر از مناطق دیگر است. در این صورت به علت از دست دادن آب وزن خشک قارچ بیشتر می‌شود. این تغییرات ۴۸ -۷۲ ساعت بعد از برداشت اتفاق می‌افتد. در این شرایط کلاهک قارچ از پایه فاصله گرفته و باز می‌شود. به‌مرور بافت قارچ نرم شده و رنگ آن تغییر می‌کند. علت نرم شدن بافت قارچ فعالیت‌های میکروارکانیسم های موجود بر سطح آن است که بافت را به‌مرور تجزیه می‌کند.
آنچه بیش از همه موجب قهوه‌ای و زردرنگ شدن قارچ می‌شود فعالیت آنزیم‌ها است. آنزیم‌هایی نظیر تیروزیناز ( پلی فنل اکسیداز) که باعث اکسید شدن ترکیبات فلنی می‌شود و سپس مواد اکسیدشده تبدیل به پلیمرهای قهوه‌ای‌رنگ به نام ملانین می‌شوند. مطالعات ملکولی حکایت از دخالت ۱۹ ن در مرحله بعد از برداشت دارند. این‌ها در تغییرات بیولوژیک قارچ بعد از برداشت و کاهش کیفیت فعالیت می‌کنند.
خسارت های وارد به قارچ
خساراتی که معمولاً به قارچ‌ها وارد می‌شود:
۱- تغییرات بیوشیمیایی که نتیجه واکنش آنزیمی در قارچ است
۲- خسارات فیزیکی ناشی از روش نادرست برداشت و بسته بندی قارچ و ضربه خوردن در طول روند برداشت قارچ و بسته بندی.
۳-بیماری‌های قارچی یا باکتریایی که منجر به ایجاد لکه یا تغییر رنگ قارچ می‌شوند.
۴-فاکتورهای محیطی از قبیل ازدیاد گازکربنیک در زمان برداشت،جریان هوا، دمای زیاد و کاهش رطوبت باعث می‌شود تا به ماندگاری قارچ صدمه وارد شود.
در بسته بندی به نکاتی از قبیل: نگهداری قارچ در دمای ۲-۴ سردخانه با رطوبت نسبی ۹۵ درصد به مدت ۵-۶ روز توجه کرد که باعث متوقف شدن فعالیت‌های آنزیمی می‌شود.
