بعد از مرحله فاز یک برای اماده‌سازی شرایط رشد میسلیوم قدم به مرحله فاز دو می‌گذاریم. این مرحله
باید در تونل‌های کف هواده و هوابند صورت بگیرد و حدود ۶ روز به طول می‌انجامد.
اهداف فاز دو
۱-پاستوریزه‌کردن (از بین بردن و کشتن میکروب‌های مضر و حشرات)
۲-بهینه کردن(ایجاد شرایط برای رشد انبوه میکروب‌های ترموفیل برای ساخت پروتئین میکروبی چون به این شکل گاز آمونیاک به آمونیوم تبدیل
می‌شود و به مصرف ترموفیل ها می‌رسد.
بعدازاین مرحله نوبت به پر کردن یکدست کمپوست در تونل و بستن دران می‌شود. و هوای مورد اندازه با توجه به فضول به تونل تزریق می‌شود
تا دمایان بالا برود. و دما در تمام تونل یکنواخت شود که این فعل را عمل لولینگ می‌نامند.
بعدازاینکه دمای کمپوست به ۴۸-۵۰ درجه رسید مقدار هوا را کم کرده تا دمای هوا افزایش یابد و به حدود ۵۸-۶۰ درجه برسد که مرحله گرم کردن
یا وارم آپ است. دمای کمپوست حدوداً باید در هر ساعت یک ونیم درجه بیشتر شود.
با رسیدن به دمای ذکرشده پاستوریزه سازی آغاز می‌شود و حدود ۸ الی ۱۰ ساعت به طول می‌انجامد و مقدار مناسب آمونیاک پایان این مرحله
۲۵۰-۶۰۰ پی مناسب است و دمای بالا همراه لا آمونیاک متصاعدشده از تجزیه مواد دارای نیتروژن ازجمله پروتئین باعث از بین رفتن موارد مضر
و بیماری‌زا می‌شود. و اگر دما از ۶۰ درجه بالاتر برود باعث از بین رفتن موارد مفید و درنتیجه تخریب کمپوست می‌شود. بعدازاین مرحله کوا دان،
یا سرد کردن شروع می‌شود.
و در هر ساعت ۲-۳ درجه کم می‌شود تا به مرحله بهینه‌سازی برسد. که دمای مناسب برای رشد ترموفیل ها است. این ۴۸-۵۰ درجه دمای بهینه
برای رشد میکروب‌های گرمادوست است. که موجب تکثیر و افزایشان می‌شود. در ادامه آمونیاک و املاح آن به پروتئین و دیگر ترکیبات نیتروژن
دار میکروبی تبدیل می‌شود تا قارچ خوراکی بتواند از آن به‌عنوان غذا استفاده کند.
conditioning
کاندیشینگ یا بهینه‌سازی غلظت آمونیاک هرروز کمتر می‌شود. و طی ۴ روز صفر می‌شود. کاهش دما نباید کمتر از ۱۴ درجه باشد و این کاهش
دما باید در تمام کمپوست یکسان هم‌زمان باشد. غلظت آمونیاک در هوای تونل نشانه مقدار آمونیوم است. برای اندازه گیری از دراگرتیوب استفاده
می‌شود.
وسیله‌ای مدرج است که هوا را به داخل کشیده و به داخل لوله هدایت می‌کند و بنا بر غلظت آمونیاک رنگ درجه‌ها تغییر می‌کند و مقدار گاز را با
پی پی‌ام نشان می‌دهد. و هنگامی گه غلظت به ۵ پی پی‌ام یا کمتر رسید نشانه پاک شدن کمپوست از این گاز است.
سپس هوای تازه را وارد تونل کرده دمای کمپوست را به دمای مناسب رشد میسلیوم قارچ خوراکی که ۲۵ درجه است می‌رساند. در زمستان دمای
۲۷ و تابستان ۲۳ درجه توصیه‌شده است. بهتر است سرد کردن در شب انجام شود که روز بعد عمل تلقیح اسپان صورت گیرد.
فواید گرمادوست‌ها
میکروب‌های گرمادوست که مفید نیز محسوب می‌شود که شامل باکتری‌ها، قارچ میکروسکوپی و اکتینومیست ها می‌شود و عملکردشان بستگی
به غذا، رطوبت، دما و اکسیژن کافی دارد. کمبود هریک از اینها منجر به عدم دستیابی به کمپوست مناسب می‌شود.
دمای کمپوست در تمام مراحل فاز دوم بین ۴۸-۶۰ متغیر است. نشانگر آماده شدن کمپوست جانشین میکروب‌ها در کمپوست و کاهش دمای
آن در شرایطی که مقدار هوای ورودی ثابت باشد. قارچ‌های ترموفیل ها که در دمای کمتر از بقیه ترموفیل ها فعالیت می‌کنند اهمیت زیادی
دارد به همین دلیل آن‌ها توانایی رشد در مناطق پرتراکم کمپوست رادارند.
