روش های پرورش قارچ خوراکی: به روش جعبه، اگر چه جعبه‌های فلزی، نیز مورد استفاده قرار می‌گیرند اما جنس آنها معمولأ از چوب است. این جعبه‌ها با لیفترک از سالنی به سالن دیگر منتقل می‌شوند و فرایند پر کردن جعبه‌ها، بذرزنی، و دادن خاک پوششی به روش مکانیزم انجام می‌شود.
در سالن‌های پرورش، ممکن است که تعداد جعبه‌های روی هم، سه تا پنج عدد باشد. در این سیستم، کمپوست در داخل جعبه، مرحله دوم کمپوست سازی را طی کرده است و در مرحله بذرزنی، جعبه‌ها خالی می‌شوند و سپس کمپوست بذرزنی شده به جعبه‌ها برگشت داده می‌شود.
سیستم پرورش به روش جعبه ای
در روش دیگر، ممکن است که کمپوست به‌صورت فله، مرحله دوم کمپوست سازی را سپری کند و پس از بذرزنی در داخل جعبه پر شود. در جاهایی که از این روش (پاستوریزه کردن به روش فله و سپس پر کردن جعبه‌ها) استفاده می‌شود جعبه‌ها فرایند پاستوریزه شدن را سپری نکرده و به همین دلیل امکان دارد که پس از پختن سالن، به بیمارگرهای قارچ خوراکی آلوده شود مگر اینکه به خوبی مورد محافطت قرار بگیرد.
بایستی هنگام کار، در ابتدا پلاستیک پلی اتیلینی را در کف جعبه پهن کرد؛ این کار نه تنها خطر آلودگی به آفات و بیماری‌ها را کاهش می‌دهد همچنین تمیز کردن جعبه‌ها را نیز آسان‌تر می‌کند. لازم است، در هر بار پرورش، این پلاستیک‌ها تعویض شوند.
پیشرفت جدید در مورد سیستم پرورش به روش جعبه، پرورش قارچ تا مرحله پین دهی در یک سالن و سپس انتقال جعبه‌ها به سالن‌های برداشت است. این کار زمانی انجام می‌شود که قارچ در مرحله پین دهی قرار دارد و به سالنی که این مرحله از تولید در آن انجام می‌شود “اتاق نگهداری” گفته می‌شود و سپس به سالن برداشت منتقل می‌شود.
در برخی از مناطق پیشرفته‌تر اروپا، ممکن است که جعبه‌های کمپوست (اغلب فلزی) مرحله پین دهی خود را در یک کشور سپری کنند و سپس به منظور برداشت محصول به کشور دیگری منتقل شوند؛ به این روش، جعبه پین دار یا سیستم فاز چهارم گفته می‌شود.
سیستم پرورش به روش قفسه‌ای
کمپوست فاز اول و دوم همچنین کمپوست مرحله سوم در داخل قفسه‌ها پر می‌شود؛ تعداد قفسه‌ها حداکثر شش عدد است. در ابتدا قفسه‌ها از چوب ساخته می‌شد که به راحتی می‌شد آن را از هم جدا و از سالن خارج کرد. چنین قفسه‌هایی معمولأ در آمریکا مورد استفاده قرار می‌گیرد.
سپس قفسه‌های فلزی جایگزین قفسه‌های چوبی شدند. در حال حاضر مدرن‌ترین سیستم قفسه‌ای در دنیا سیستم هلندی است. تمام سیستم‌های قفسه‌ای نیاز به تجهیزات ویژه‌ای دارند تا بتوان با آن قفسه‌ها را پر کرد و خاک پوششی را به کمپوست داد. در انتهای مرحله برداشت (انتهای فلش سوم) پختن کمپوست در همان سالن بسیار اهمیت دارد چرا که جابجا کردن و انتقال کمپوست از قفسه‌ها به تسمه نقاله، موجب ایجاد گرد و غبار سالن‌های دیگر شده و در اثر آن اسپورها و قطعات میسلیوم قارچ خوراکی در هوا آزاد شده و در اثر چرخش هوا به سالن‌های دیگر منتقل می‌شوند.
سیستم قفسه‌ای یکی از پر بازدیدترین سیستم تولید قارچ خوراکی است. در صورت قفسه‌ای بودن سیستم پرورش قارچ، برداشت با ماشین امکان پذیر است و اغلب در مواردی که هدف کنسرو کردن قارچ‌های چیده شده باشد مورد استفاده قرار می‌گیرد.
