بعد از اتمام اتاق تونل (که قبلاً توضیح داده‌شده است) اتاق کشت وجود دارد که کار مایه‌کوبی و یا همان
کشت بذر را در آنجا انجام می‌دهند.
کمپوست پاستوریزه شده را با میسلیوم های قارچ مخلوط کرده و آن را در بسترهای مخصوص جای می‌دهند. به ازای هر یکتن کمپوست
حدود ۱۶ کیلو بذر مصرف می‌شوند که بنا بر آنچه که در ایران تولید بذر بر روی غلات انجام می‌شود و به ازای هر یک کیسه ۱۵ کیلویی
حدود ۲۵۰ گرم بذر مصرف می‌شود. باید دقت شود که اگر میزان بذر مصرفی به‌دقت انجام نشود در عملکرد تولید قارچ تأثیر می‌گذارد.
این مرحله رابطه مستقیم با سیستم تولید و تعداد کارگران و مهارت آن‌ها داشته در سیستم استیلاژ (بستری) حداکثر یک روز درسیستم
کیسه‌ای و سایر سیستم‌ها بسته به مقدار کیسه‌ها و فاصله آن‌ها با سالن‌های تولید و ارتفاع قفسه‌ها مختلف است.
معمولاً این مرحله بایستی حداکثر در مدت ۲ روز پایان یابد چرا طولانی شدن این مرحله زمینه آلودگی کمپوست آماده‌شده را فراهم آورده
همچنین برداشت در یک زمان انجام نمی‌گیرد. دستگاه‌های بلوک زن کمپوست به سیستم بذر زن مجهز هستند.
